Although he served throughout the war, usually with distinction, Hooker is best remembered for his stunning defeat by Confederate General Robert E. Lee at the Battle of Chancellorsville in 1863.
Vaikka hän palveli koko sodan ajan, yleensä menestyksellisesti, hänet muistetaan parhaiten tappiostaan Robert E. Leelle Chancellorsvillen taistelussa vuonna 1863.