In 1969 Jerne again switched jobs, this time to Basel in Switzerland, where he was the Director of the Basel Institute for Immunology until his retirement in 1980.
Vuonna 1969 hän vaihtoi jälleen työtään siirtyen Sveitsin Baseliin, jossa hän toimi Baselin Immunologian Instituutin johtajana eläkkeelle siirtymiseensä saakka vuoteen 1980.