When South Carolina seceded from the Union in December 1860, Gregg helped organize the 1st South Carolina Volunteers, and served as the regiment's first colonel.
Kun Etelä-Carolina erosi Unionista vuonna 1861, Gregg auttoi organisoimaan 1. Etelä-Carolinan vapaaehtoiset, ja palveli rykmentin ensimmäisenä everstinä.