From 1842 to 1846, Herndon served in the Depot of Charts and Instruments of the US Naval Observatory with his first cousin and brother-in-law, Matthew Fontaine Maury.
Vuosina 1842–1846 Herndon työskenteli Yhdysvaltain laivaston observatorion karttojen ja instrumenttien laitoksella serkkunsa Matthew Fontaine Mauryn kanssa.