At the time of the nomination, the World Heritage Site was protected by the Pro Santa Cruz committee, Cordecruz, Plan Regulador de Santa Cruz, and the local mayoral offices of the mission towns.
Vid tiden för nomineringen, skyddades det blivande världsarvet av Pro Santa Cruz-kommittén, Cordecruz, Plan Regulador de Santa Cruz samt de lokala borgmästarkontoren i missionsorterna.