The next year, he ran in the presidential election against incumbent president Omar al-Bashir, but did poorly, obtaining only 9.6% of the votes in elections that were boycotted by the Sudanese opposition and alleged to be rigged.
Han återvände till Sudan i maj 1999 och nästföljande år, deltog han i presidentvalet mot sittande presidenten Omar al-Bashir, men gjorde ett dåligt val, och fick endast 9,6 % av rösterna i valet som bojkottades av den sudanesiska oppositionen som påstod att valet var riggat.