Set midway through the events of Persona 4, the Investigation Team is pulled into an alternate version of Yasogami High and must work with the members of SEES to find a means of escape.
Spelet utspelar sig halvvägs genom händelserna i Persona 4, där utredningsgruppen blir indragen i en alternativ version av Yasogami High och måste arbeta med medlemmarna av SEES för att hitta ett sätt att fly.