Mattis occasionally voiced his disagreement with certain Trump administration policies, opposing the proposed withdrawal from the Iran nuclear deal and budget cuts that hamper the ability to monitor the impacts of climate change.
Mattis har ibland uttryckt sin motsättning mot viss del av Trumps administrationspolitik, Mattis är motståndare för det föreslagna återkallandet av Irans kärnvapenavtal, och har kritiserat budgetnedskärningar som hindrar möjligheten att övervaka klimatförändringarnas inverkan.