After the September 11, 2001 attacks, Rowley wrote a paper for FBI Director Robert Mueller documenting how FBI HQ personnel in Washington, D.C., had mishandled and failed to take action on information provided by the Minneapolis, Minnesota Field Office regarding its investigation of suspected terrorist Zacarias Moussaoui.
Efter 11 september-attackerna 2001, skrev Rowley en rapport till FBI-chefen Robert Mueller för att dokumentera hur FBI-personal i Washington, DC, hade misskött sin uppgift och underlåtit att vidta åtgärder baserat på informationen från Minneapolis, Minnesotas fältkontor om deras undersökning av misstänkt terrorist Zacarias Moussaoui.