Malmgren undertook several scientific expeditions, especially in the northern latitudes, to the White Sea (1856) and to Spitsbergen and Finnmark as a participant in the first three Swedish expeditions (1861, 1864 and 1868).
Malmgren företog flera naturvetenskapliga forskningsresor, särskilt i nordliga trakter, till Vita havet (1856) samt till Spetsbergen och Finnmarken som deltagare i de tre första svenska expeditionerna (1861, 1864 och 1868).