All versions of the game feature an original storyline, in which the player attempts to defend Bikini Bottom from an invasion of robots created by Plankton with a machine called the Duplicatotron 3000, playing as SpongeBob in all versions, as well as Patrick and Sandy in the console versions.
Alla versioner av spelet har en original storyline, där spelaren försöker försvara Bikini Bottom från en invasion av robotar skapad av Plankton med en maskin som heter Duplicatotron 3000, som spelas som SvampBob Fyrkant i alla versioner, samt Patrick och Sandy i konsolversionerna.